Atsaucoties uz ES Regulu Nr. 178/2002, ar mērķi nodrošināt efektīvu zinātnisko sadarbību, PVD ir izveidotas četras Zinātniskās komisijas, par paraugu ņemot Eiropas Pārtikas nekaitīguma iestādes (EFSA) modeli (Zinātnisko komiteju un Paneļus):

• Veterinārā komisija

• Pārtikas piesārņojuma komisija

• ĢMO un Jaunās pārtikas komisija

• Uztura un diētas komisija

Zinātniskās komisijas ir konsultatīvas un koordinējošas, konkrētas problēmas risināšanai (riska novērtēšanai) apvienotas radniecīgas Ekspertu grupas, kuru darbības mērķis ir sniegt zinātniski vai labas prakses pamatotu neatkarīgu informatīvo atbalstu PVD ar riska analīzi saistītajos jautājumos PVD kompetences sfērā, t.sk. novērtēšanā un komunikācijā.