Sabiedrisko attiecību daļa
Iekšējās kontroles daļa
Kontroles sektors
Iekšējā audita sektors
Kvalitātes departaments
Kvalitātes vadības daļa
Kvalitātes dokumentu uzturēšanas sektors
Iekšējā audita daļa
Mācību daļa
Uzņēmumu atzīšanas un reģistrācijas daļa
Informātikas departaments
Informācijas sistēmu attīstības un ieviešanas daļa
Informācijas sistēmu izstrādes daļa
Tehniskā nodrošinājuma daļa
Tīklu administrēšanas sektors
 
Administratīvais departaments
Stratēģiskās dokumentācijas izstrādes un dokumentu aprites daļa
Arhīva sektors
Juridiskā daļa
Juridiskais sektors pārtikas uzraudzības jomā
Juridiskais sektors veterinārās uzraudzības jomā
Personāla vadības daļa
Finanšu un grāmatvedības daļa
Grāmatvedības un pārskatu sektors
Materiālo resursu daļa
Saimniecisko līgumu sektors
Apsaimniekošanas sektors
Uzturēšanas sektors
Pārtikas uzraudzības departaments
Riska vadības daļa
Starptautisko projektu vadības daļa
Augu izcelsmes produktu, dzērienu un bioloģiskās lauksaimniecības uzraudzības daļa
Dzeramā ūdens un dzērienu uzraudzības sektors
Augu izcelsmes produktu uzraudzības sektors
Bioloģiskās lauksaimniecības un biškopības produktu uzraudzības sektors
Dzīvnieku izcelsmes pārtikas ražošanas uzraudzības daļa
Gaļas un gaļas produktu uzraudzības sektors
Piena un olu produktu uzraudzības sektors
Zvejas produktu uzraudzības sektors
Specifisko un pārtikā neizmantojamo produktu uzraudzības sektors
Pārtikas izplatīšanas uzraudzības daļa
Sabiedriskās ēdināšanas uzņēmumu uzraudzības sektors
Tirdzniecības un noliktavu uzraudzības sektors
Starptautiskās tirdzniecības daļa
Veterinārās uzraudzības departaments
Dzīvnieku infekcijas slimību uzraudzības daļa
Epizootiju uzraudzības sektors
Zoonožu uzraudzības sektors
Analītiskais sektors
Novietņu uzraudzības daļa
Reģistrācijas uzraudzības sektors
Veterināro zāļu un prakšu uzraudzības sektors
Dzīvnieku ēdināšanas uzraudzības sektors
Dzīvnieku labturības uzraudzības sektors
Dzīvnieku aizsardzības daļa
Dzīvnieku barības uzraudzības daļa
Starptautiskās tirdzniecības daļa
Robežkontroles departaments
Pārtikas un nepārtikas preču robežkontroles daļa
Fitosanitārās robežkontroles daļa
Veterinārās robežkontroles daļa
Muitas noliktavas
Robežkontroles punkti
 
PVD teritoriālās struktūrvienības
Pārtikas centrs
Pārtikas drošības risku izvērtēšanas daļa
Zinātnisko pētījumu un informācijas analīzes daļa
Produktu novērtēšanas un atzīšanas daļa
Pārtikas produktu un to komponentu atzīšanas sektors
Pārtikas produktu un to komponentu novērtēšanas sektors